Sollen Varianten an einem Standort untersucht werden, dann können dazu mehrere Lysimeter an einem Logger und Serviceschacht angeschlossen werden.
Je nach Wunsch oder örtlicher Gegebenheit können Lysimeter in zwei Schlägen installiert werden. So lassen sich Vergleiche verschiedener Nutzungsarten und Fruchtfolgen oder der Vergleich zwischen konventioneller und biologischer Bewirtschaftung ziehen. Für vergleichende Untersuchungen bei einem Boden mit mehreren Varianten (z. B. Düngung, Bewässerung oder CO2-Begasung) können bis zu sechs Lysimeter an einen Logger bzw. Serviceschacht angeschlossen werden.
 
Bei dieser Anordnung wird der Serviceschacht im Eckpunkt von vier Feldern installiert. Der Abstand der Verbindungsrohre ist flexibel, so dass die Lysimeter, bei mini­malem Feldrandeinfluss in das Feld gebaut werden können. Sollen die Lysimeter maschinell bewirtschaftet werden, dann können Agro-Lysimeter mit abnehmbaren Ringen verwendet werden (siehe Agro-Lysimeter).
 
Für den Vergleich von Fruchtfolgen oder Varianten A bis F ist die lineare Anord­nung mit Parzellierung der Lysimeter­umgebung vorteilhaft, denn sie lassen sich besser bewirtschaften.
Linear angeordnete Lysimeter können auch sinnvoll sein für Roboter­systeme zur Automatisierung der Beregnung, Tracer­appli­kation oder für Gasmesshauben.
 
Für Projekte mit dem Ziel des Bodenvergleichs unter veränderten Klimabedingungen können die Lysimeter ringförmig angeordnet werden. Dabei stammen die Böden von verschiedenen Standorten und werden nun unter einem veränderten Klima beobachtet. Die ringförmige Lysimeteranordnung schafft durch ihre geometrische Identität gleichartige Bedingungen und ist daher für vergleichende Studien besonders vorteilhaft. Hier können die Lysimeterplätze A bis F mit Mesokosmen verschiedener Standorte versehen werden oder die Variabilität eines Ökosystems abbilden.